十一月初九日，崇禎皇帝下旨，命削崔呈秀籍，追奪告身。栗子小說 m.lizi.tw當時已歸薊州的崔呈秀，已知魏忠賢自盡之事，明白大勢已去，也上吊自殺。
十一月十七日，崇禎皇帝下令在浣衣局掠死客氏，逮捕其子侯國興。
到了崇禎元年正月，崇禎皇帝又下令對這3位罪魁禍首進一步加重處罰，結果是魏忠賢之尸被寸磔，斬崔呈秀的尸體于薊州，又斬客氏之尸。
魏良卿、侯國興被立即處斬棄市。其家屬也受株連，不分老幼，滿門抄斬。據說當時被押赴刑場時，有的孩子還熟睡在母親的懷抱之中，不知禍之將至。
清算的範圍越來越大。在魏忠賢時代春風得意的那班人所共知的骨干分子，紛紛落馬。
內閣首輔黃立極在這年年底被罷免。部院大臣中先後被罷的有周應秋、張續我、孟紹虞、田吉、閻鳴泰、劉紹、甦茂相、楊夢袞、孫杰、孫貞、薛鳳翔、劉廷元、吳淳夫、李夔龍等。
錦衣衛等一些重要部門也被大換血，田爾耕、孫雲鵬、張凌雲、陳大同、梁夢寰、白太始、魏撫民、李永貞、李實、涂文輔、王國泰、崔應元、王蒞民、魏持衡等等，也先後被罷。
其余如巡撫單明翊、朱童蒙，提督劉志選等也先後被革職。
在大批罷免魏氏黨羽的同時，崇禎皇帝還做了一些其他的事。栗子小說 m.lizi.tw如他下令召回諸邊鎮的鎮守中官，使宦官不能再擁有兵權。不久。他又下令宦官非奉命不得出宮門，讓宦官失去交接外廷的機會。
不過到了後來，這位痛恨宦官的皇帝，竟然又重新倚靠宦官，看來宦官還是皇帝唯一靠的住的人馬，不可不少啊。免去那些在天啟朝被逮捕處死官員的贓款，釋放他們的家屬。
天啟七年的十二月，崇禎皇帝為了選拔內閣大學士，竟然用了抽簽的辦法。他先是把九卿科道諸官員召入乾清宮，並把候選人的名單做成簽條放入金甌，然後焚香肅拜，依次從金甌中拿出簽條，被抽到的就算是入閣。<>
依此法第一批被抽到的依次是錢龍錫、李標、楊景辰、來宗道。後來大家覺得入選者太少，崇禎皇帝便又從瓶中抽出兩簽，周道登、劉鴻訓兩人被抽中。這6人便被任命為禮部尚書兼東閣大學士，參預機務。
選拔內閣大學士這樣的最高級官員，崇禎皇帝竟然要用抽簽的辦法來決定！這不僅反應了這位年輕皇帝對朝廷大臣結黨營私的做法深懷戒心，也反映了他為政方面的特色。
不久，崇禎皇帝迎來了用自己的年號命名的時代，即崇禎元年。這位年輕的皇帝，將在這新的一年中，如何來中興他那步履艱難的帝國呢？
同時，崇禎起用了一批被罷斥的東林黨人，于是雙方聯合起來，對魏忠賢集團進行清洗。台灣小說網
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天啟年間制定的《三朝要典》就像是一個緊箍咒罩在東林黨的頭上，東林黨人上台後，第一件事就是為自己洗涮罪名，進行翻案。
然而《三朝要典》是天啟欽定的史書，書中還有御制序，想要毀掉就等于否定了先皇的結論，因此也不是一件容易的事。
崇禎元年起，朝臣圍繞著《三朝要典》的存廢展開了激烈的爭論。崇禎最初對銷毀《三朝要典》持審慎態度，隨著越來越多與魏忠賢有關系的人被揭發，崇禎感到有必要進行一次大換血，這樣就與《三朝要典》存在廣泛的矛盾。
崇禎在落實一朝天子一朝臣方面的志向越來越大，他的目標不再是拔出蘿卜帶出泥，而是要將這棵蘿卜連同他周圍的泥土一同鏟去。
五月，崇禎下令銷毀《三朝要典》，並對相關史書進行了修改，掃清障礙。
經過一年多的調查，在東林黨人主導下，有關報部門報了三次名單，都被崇禎打了回去，原因是名單人員太少。直到第四份名單呈上，崇禎才感到滿意，三月十九日，崇禎公布了欽定逆案名單。<>共七類二百五十八人。
分別是︰首逆同謀六人，結交近侍十九人，結交近侍減等十一人，逆孳軍犯三十五人，諂附擁戴軍犯共十五人，結交近侍又次等一百二十八人，祠頌四十四人。前兩類人的處罰是論斬；第三類人遣戍；後四類遭罷黜或賦閑在家。
魏黨遭到了毀滅性的打擊，東林黨梅開三度，再次興盛起來。
雖然絕大多數人持肯定態度，但這件事情的負面作用也是顯而易見的，溜須拍馬屁為官場上的常事，也要懲處，再說建生祠是經過天啟皇帝首肯批準的，以此為罪名是不妥當的。
當時就有學者對此作出了準確的評論︰此何等而草草羅入，致被處者屢思翻案，持局者日費提防，糾纏不己，逆案翻而宗社墟矣。此當局者之咎矣。明朝從此陷入了翻案與提防翻案的又一大政治內訌中。
當時明朝正值多事之秋，內憂外患不斷，此次政治清算運動，使官員們的注意力都轉移到政治斗爭上來，人心不穩，影響了治國整軍。
總之，崇禎清算運動打擊面之大，涉及人員之多，歷時之長，涉及人員職務之重，史所罕見，犯了擴大化的錯誤，消極影響深遠。
對魏黨的過度打擊反映了崇禎統治經驗的缺乏和性格極端的一面，這個年代，皇帝並不能像開國皇帝一樣實際控制一切，下面的大臣分成兩派無疑比一派更為有利，何況皇帝是具有隨時可以令其中一派倒台的裁決權力的。
此時，年輕的皇帝還是不如一些官場老手，那位首先跳出來彈劾崔呈秀的雲南道御史楊維垣，就曾經力主魏案只誅殺首要的十幾個分子，同時竭力阻止東林黨人復出。用他的話來說，就是東林黨人與魏忠賢、崔呈秀等人也差不多，都是邪黨。不能因為魏忠賢主持局面、迫害過東林黨人，就能證明東林黨人不是奸黨。東林黨這個前朝欽定的案子不能翻！
魏忠賢這個人由于他和控制輿論的文官集團的矛盾，他的壞處被無限放大了，其實，魏忠賢在事關國家存亡的大事上，還是很講原則的，也有貢獻的，歷史上，在魏忠賢掌握權力的時期，國家的安全狀況比這前後兩個時期都要好。<>但這不能說其功勞可以抵消罪惡。
東林黨太過傲慢，惟我獨尊，為壟斷朝政，不惜把齊浙楚三黨逼上了絕路，這才導致了他們紛紛投靠魏忠賢，沒有他們這些當時高素質人才加入，魏忠賢一個人加上一個天啟皇帝只怕也搞不出如此之大的動作來。在治理國家方面，除了開出已經不符合現實社會的道德處方，東林黨可以說是毫無貢獻，尤其是在國家急需要財稅的這個年代，除了拼命反對加稅，毫無作為，此外在遼東，東林黨人袁應泰和王化貞掌權時期是就制造了遼東三大災難中兩個，東林黨屬于治國無能而嘴巴天下無敵。
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